安徽中医药大学中医学学科自1959年起开始建设，经历58年的发展，积淀深厚。1978年中医学科招收硕士生，1999年开始联合培养博士生，2008年成为硕士生免试推荐单位，2009年成为安徽省A类重点学科，2013年成为安徽省振兴计划省级学科建设重大项目并批准成为博士一级学科授权点，2014年开始招收首届博士生，目前已招收五届博士生。所属20个二级学科相继成为国家中医药管理局和省B类重点学科。学科是国家中医临床研究基地、国家中医药国际合作基地、国家药品临床研究基地；拥有新安医学教育部重点实验室1个、国家临床重点专科6个、国家中医药管理局中医学术流派工作室2个；学科所属的中医学专业为国家教育部首批特色专业，拥有国家级精品课程1门、国家级精品资源共享课程1门、国家级专业综合改革项目1项、国家级质量工程项目2项、国家级临床技能实训中心1个、获国家教学成果二等奖1项；学科队伍现有国家级教学团队1个、国医大师2人、全国中医药高等学校教学名师2人、国家级名老中医4人、博导17人、安徽省学术与技术带头人6人；学科积极开展科技创新工作，近5年来，承担各级各类项目200余项，获得各类奖励20余项，其中主持国家重大专项国家科技支撑计划“新安医学传承与发展研究”，相关成果获中华中医药学会科技进步一等奖和安徽省科学技术一等奖，主要参与的“热敏灸技术的创立及推广应用”获国家科技进步二等奖；主编出版《新安医学精华丛书》获中华中医药学会优秀著作一等奖，2014年我校凭借中医学科新安医学的特色和优势获中华中医药学会“推动中医药学术发展特别贡献奖”。

学科博士点始终秉承“弘扬新安医学，培育中医人才”的理念，已形成获国内外广泛认可的以新安医学为核心的中医学科优势与特色。学科构建了一只结构、梯队、年龄层次合理的学术队伍，其中既有徐经世、李业甫两位国医大师为学术顾问，又有韩明向、马骏、曹恩泽、丁锷等一批国家级名老中医为学术指导，更有一批由省学术与技术带头人组成的中青年学术骨干。近年来，学科不断汇聚特色和优势，在原有研究基础上已凝炼成4个稳定的研究方向：①新安医学流派传承与发展研究；②中医经典理论阐释与现代研究；③针灸经络腧穴基础与应用研究；④临床重大疾病防治与康复研究。