中西医结合学科为我校三大主干学科之一，始建于1959年，1978年全国首批开展中西医结合研究生教育，1981年中西医结合基础获硕士学位授予权，1986年中西医结合临床获硕士学位授予权，2011年获批中西医结合一级学科硕士学位授权点，2017年获批一级学科博士学位授权点，2023年获批一级学科国家级博士后科研流动站。中西医结合一级学科现为安徽省高峰培育学科，拥有安徽省重点学科中西医结合基础，国家中医药管理局高水平中医药重点学科、安徽省重点学科中西医结合临床，国家中医药管理局重点学科中医药信息学为支撑的二级学科体系；现已形成中西医结合学院、安徽省中医院、安徽省中西医结合医院和中西医结合研究所、神经病学研究所、中医脑病防治研究所于一体的三院三所的学科布局；拥有新安医学教育部重点实验室，细胞分子生物学（脑病）实验室、免疫学实验室、数字化影像技术实验室国家中医药管理局三级实验室，中西医结合防治神经退行性疾病安徽省医药基础研究中心在内的科研平台。学科中西医结合临床教师团队2023年获批第三批“全国高校黄大年式教师团队”；拥有安徽省领军人才团队1个，安徽省“115”产业创新团队2个，省级教学团队5个。

多年来，秉承“学贯中西、大医精诚”的理念，中西医结合学科在学校终身教授杨任民等老一辈中西医结合专家的带领下，围绕肝豆状核变性、帕金森等临床重大或疑难疾病，重视中医药特色与现代医学理论、技术和方法的融合及应用，构筑医教研三位一体的协同发展模式，经过多年的发展，在中西医结合多个领域形成了自身的特色和优势，形成腧穴配伍效应规律与中枢整合机制研究；疾病系统生物学机制与中医药干预研究；脑病中西医结合临床与基础研究；慢性病中西医结合治疗与健康干预研究；围手术期中医药干预与预后评价研究5个稳定的研究方向。形成一支包括青年岐黄学者、安徽省杰青、省级教学名师、青年皖江学者等在内的导师队伍；近5年来，主持国家科技重点专项、国家自然科学基金、区域创新发展联合基金、省高校协同创新、省重点研发和省科技攻关项目等各级各类科研项目150余项，发表包括Science在内的SCI收录论文200多篇；授权专利20余项，获得包括教育部科学技术二等奖、中国中西医结合学会科学技术一等奖、中国民族医药学会科学技术一等奖、安徽省科学技术二等奖在内的科技奖励10余项。中西医结合博士学位授权点2019年开始招收首届中西医结合专业博士生，目前已招收六届共33名博士生。