中西医结合基础是安徽中医药大学最早招收攻读硕士学位研究生的专业，于1981年获得首批硕士学位授予权，2011年获批中西医结合一级学科硕士学位授权点，培养硕士研究生100余人。

本硕士点依托中西医结合基础安徽省重点学科、中西医结合安徽省高峰培育学科建设，致力发展中医药，注重用现代科学解读中医药学原理，揭示中医药调控疾病的作用靶点及病理转归的规律，阐明中西医结合疾病防治的机制，服务“健康安徽”战略和安徽省中医药事业发展。

多年来，本硕士点围绕腧穴配伍效应规律与中枢整合机制研究、神经系统疾病中西医结合基础与临床研究、疾病系统生物学机制与中医药干预研究、慢性病中西医结合治疗与健康干预研究4个稳定的研究方向已形成了自身的学术特色，在中西医结合基础研究领域具有较高影响力。

现有研究生导师22名，其中教授10名，研究员3人，副教授8名，副研究员1人。拥有青年岐黄学者、安徽省青年皖江学者、安徽省杰青、安徽省优青、安徽省教学名师等一大批学者，导师队伍实力雄厚。2018年以来，本专业导师承担国家自然科学基金项目8项，安徽省自然科学基金项目7项、安徽省重点研发项目1项，安徽省高校协同创新项目1项，安徽省高等学校自然科学研究等其他省级项目11项，开展企业合作项目3项；获省部级科研奖励一等奖1项、三等奖2项。

本专业硕士研究生的培养坚持社会主义办学方向，坚持以立德树人为根本，贯彻德、智、体、美、劳全面发展的教育方针，面向社会发展需求，培养高素质的中西医结合复合型医学人才。